Stefan Löwenhaupt war nach seinem Studium zunächst wissenschaftlicher Mitarbeiter am Lehrstuhl für Verwaltungswissenschaft an der Universität Bamberg. 2001 bis 2003 war er Vertretung der Professur für Sozialinformatik an der Fachhochschule Neubrandenburg.
Stefan Löwenhaupt ist seit 2003 Gesellschafter und Geschäftsführer der xit GmbH. Er ist stellvertretender Vorsitzender der Deutschen Gesellschaft für Management und Controlling in der Sozialwirtschaft e.V. (DGCS) und war von 2015 bis 2016 Mitglied im Forum Diversifizierung des Bayerischen Staatsministeriums für Ernährung, Landwirtschaft und Forsten für den Bereich Soziale Landwirtschaft.